Antičko doba
Pelješac je naseljen vrlo rano, postoje ostaci koji datiraju u mlađe kameno doba (neolit). Brojni ostaci su pronađeni po raznim špiljama na Pelješcu (Gudnja na Poraču, Spilja na Kopnju Prinčeva spilja na Zabradi). Doseljavanje tzv. Protoilira počinje metalno doba na Pelješcu. Pelješac kasnije nastanjuju Iliri iz plemena Plereja koji su također ostavili mnoge tragove postojanja. U jednoj spilji nadomak zaselka Nakovane pronađeno veliko ilirsko svetište.
Iako su antički Grci osnivali kolonije po Korčuli i delti Neretve, nema dokaza o njihovoj prisutnosti na Pelješcu.Grci su, pak, trgovali s Ilirima na Pelješcu iako se ne može utvrditi da je to imalo velik značaj. Oslonac ilirskog gospodarstva na Pelješcu je bilo stočarstvo i zbog prostora za ispašu stoke su se vodili i oružani sukobi. Iliri su gradili utvrde (gradine). Ratarstvo je bilo kod Ilira od sekundarnog značaja.
Drugo Ilirsko pleme Ardiljerci došlo je na Pelješac oko 370 pr. Kr. pod pritiskom Kelta sa sjevera, pomiješalo se sa Plerejima te utvrdilo svoju vlast od Neretvanskog kanala do Grčke.Za vrijeme Ardiljeraca su ojačali ilitski gusarski napadi na grčke trgovačke brodove. Rimljani dolaze na Pelješac u drugom stoljeću pr. Kr. pod krinkom pomoći Grcima. Nakon niza ratova (koji su uglavnom zaobišli Pelješac) Rimljani uspostavljaju vlast koja će trajati sve do podjele Rimskog carstva. Tada Pelješac dolazi pod vlast Bizanta.
Srednji vijek
U ranom srednjem vijeku krojenje granica se vršilo ratovima i pravo vlasništva na Pelješac su polagali mnogi. Slabljenjem rimskog carstva , posebno njegovog zapadnog dijela u čijem je sastavu bio Pelješac, na to područje počinju se doseljavati Slaveni koji formiraju svoje političke tvorevine zvane sklavinije. Pelješac je potpao pod Zahumlje koje je bilo svojevrsna tampon zona između Hrvatskog kraljevstva, Raške i Dubrovnika.Zahumlje je uspjelo održati svoju samostalnost balansiranjem između okolnih sila te je Pelješac bivao pošteđen od velikih ratnih pustošenja. Od 11. stoljeća Pelješcem i Zahumljem vladaju dukljanski, raški, bizantski i ugarsko-hrvatski vladari.
Godine 1326. Dubrovnik je sklopila savez sa kraljevinom Bosnom te nakratko osvojila Pelješac. Godine 1331. izbija rat za prijestolje u Raškoj a bosanski ban Stjepan II. Kotromanić provaljuje u Zahumlje i nanosi velike štete dubrovačkoj imovini na Pelješcu. Iduće godine Dubrovčani sa svojom diplomacijom uspijevaju dogovoriti mir i ishoditi dokument kojim godine 1333. kupuju Pelješac od srpskog cara Dušana i bosanskog bana Stjepana Kotromanića. Dolaskom Pelješca pod vlast Dubrovnika svo stanovništvo biva proglašeno dubrovačkim kmetovima. Kako je u to doba Pelješac kopneno bio odvojen od Dubrovnik trebalo je organizirati obranu kao i upravu.Ispod brda Podzvizd, gradi se novi grad Ston, a njegove zidine koje imaju zadaću zaštite solane u Stonu jer tada Dubrovnik nije imao kopnene veze sa Pelješcem (područje Dubrovačkog primorja ostalo je srpsko do 1399. kada ga je car Dušan predao poveljom), a solana je bila drugi najveći izvor prihoda za republiku nakon pomorstva. Razvija se feudalna poljoprivreda, a također i brodogradnja (Stonski arsenal je bio drugi po veličini u Dubrovačkoj republici) za ratne potrebe ali i za potrebe trgovine. Pelješac je dobio status “knežije” kao i ostali dijelovi republike van grada. Kneza je biralo Veliko vijeće a sjedište mu je bilo u Stonu. Godine 1343 . Pelješac se upravno dijeli na 2 dijela: upravno područje Stona te upravno područje Trstenice (današnji Orebić i okolna sela Podgorje i Karmen). Ovaj potonji je naročito teško funkcionirao zbog slabe komunikacije uslijed nepristupačnog reljefa. Zbog toga je vlast 1465. izdvojila središnji dio poluotoka iz Trstenice u zaseban kapetanat sa sjedištem u Janjini.[16] Pelješka vina su se već tada isticala svojom kvalitetom tako da je vlast 1333. zabranila njihov izvoz u druge dijelove republike osim samog grada a iduće godine su čak i zabranila daljnju sadnju vinograda.
Brodogradnja je na Pelješcu doživjela nagli razvoj u 15. i 16. stoljeću u Stonu. Međutim najveći razvoj će doživjeti u Orebiću u drugoj polovici 16. stoljeća. Orebić u 17. stoljeću postaje glavno pomorsko središte poluotoka i jedno d najvećih u Republici.
Kako Dubrovačka republika nije imala značajnu vojsku oslanjala se na savezništvo sa susjednim Osmanski Carstvom kojem je plaćala danak. To formalno savezništvo sa Turcima dalo je izliku okolnim državama za pljačku i gusarenje po Republici pri čemu je naročito bio izložen Pelješac. No, tu je vjera ionako bila samo izlika budući da je Pelješac i prije toga savezništva bio pljačkan od istih država.
Novi vijek i suvremeno doba
Dubrovačka vlast nad Pelješcom je trajala do 1808. kada Francuska okupira, a zatim i ukida Dubrovačku republiku. Francuska vlast je bila kratka i nije ostavila traga na Pelješcu. Na Pelješcu su ostali isti feudalni odnosi iz doba Republike. Francuzi su sagradili par putova od kojih su neki i danas u uporabi. 1814. godine Pelješac ulazi u sastav Austro-Ugarske i postaje dio Kraljevine Dalmacije. Poslije prvog svjetskog rata postaje dio kraljevine Jugoslavije. Najprije biva uklopljen u Zetsku Banovinu, a godine 1939. u Banovinu Hrvatsku. U NDH biva dio županije Dubrovnik koja je uključivala i dobar dio istočne Hercegovine. U SFRJ upravno biva podijeljen između općine Korčula (manji, zapadni dio) te općine Dubrovnik (veći istočni dio). Osnutkom neovisne Republike Hrvatske postaje dio Dubrovačko-neretvanske županije i biva razdijeljen na četiri općine: Ston,Janjina, Trpanj i Orebić.